黑腹绒鼠多栖息在树林、灌丛、草丛、农田等生境中，对林业和农业生产都有危害，以植物绿色部分为食，亦啃食树皮，环剥茎基部，是林业的主要害鼠，也传播恙虫病、钩端螺旋体病。黑腹绒鼠在不同地区之间种群密度和种群组成比例不同，在贵州省余庆县旱地耕作区密度较低。平均捕获率仅0.24%，低于浙江西天目山0.53%、浙江金华地区1.17%。在贵州省余庆县黑腹绒鼠占总鼠数的5.60%；而在四川安县黑腹绒鼠占总鼠数的36.95%，是川西北林区的优势鼠种；在浙江西天目山和金华地区高达90.20%，主要分布在当地海拨1000m以上的山地。

　　黑腹绒鼠选择的生境是土壤肥沃而疏松，腐殖质厚，乔木郁闭度在0.7以下，灌丛盖度低于50%、雨量充沛，林下较潮湿，以莎科和禾本科植物为主，不但盖度在90%以上，而且在地表有较厚的枯草层的生境。

　　黑腹绒鼠是一种掘洞能力很弱的鼠类。洞系在杂草和腐殖质下面，这也是它们选择有较厚杂草和腐殖质的生境之原因。在洞系中不断有向土层下掘20cm以内的盲洞。盲洞内储有一些针叶或果实，或花穗等食物。很少见超20cm深的土洞，偶见都是沿树根深入（尤其是直根系的树种，如油松。它们的根有松土作用，便于黑腹绒鼠挖掘）。黑腹绒鼠洞系的功能区分不明显，不像竹鼠、黔鼠、沙鼠等其他鼠类洞系分储藏室、卧室、厕所等。冬季未见有储粮习性，故冬季也会觅食。